O período de empréstimo ao FC Porto terminou e Paulo Assunção acabou por voltar ao Palmeiras onde se assumiu como titular. Contudo, o regresso a Portugal não demorou e foi através do Nacional. "O presidente do Nacional (Rui Alves) reforçava-se muito no mercado brasileiro, e é possível que eu já estivesse debaixo de olho devido à minha passagem pelo FC Porto. Assim que tive a possibilidade de voltar nem hesitei pois a Madeira é linda. Ainda por cima tinhamos uma grande equipa com o Patacas, o Ricardo Esteves, o Serginho...Só jovens jogadores com vontade, muita ambição numa equipa que tinna subido. E depois ainda havia o treinador José Peseiro que estava à frente do seu tempo. Jogávamos da mesma maneira em todos os campos e começávamos logo a preparar um treino de forma específica tendo em conta o adversário. Já todos sabíamos como eles iam jogar e o que tínhamos de fazer", recorda o luso brasileiro.

Dois anos na Madeira foram suficientes para lhe reabrir as portas dos grandes. O FC Porto sinalizou o interesse no médio, e o Sporting, por indicação de José Peseiro, também o tentou levar para Alvalade. Os dragões acabaram por ganhar o duelo e Paulo Assunção explica porquê. "Fizemos uma época fantástica no Nacional e terminámos em quarto lugar. Recebi propostas do Sporting e do FC Porto e de outros clubes e posso dizer que todas eram boas, mas estava indeciso entre o Sporting e FC Porto. Acabei por escolher o FC Porto pois tinha acabado de ser campeão europeu e esse apelo foi muito forte", recorda.