A história no Estádio da Luz durou duas temporadas e passou despercebida. Anos mais tarde, os nomes de Francisco Vera e Benfica voltam a estar associados pelos piores motivos. É certo que o avançado paraguaio não deixou saudades em Lisboa, afinal não fez qualquer jogo na equipa principal, tendo completado 17 partidas ao serviço dos ‘bês’, onde pôde marcar o primeiro e único golo ao serviço dos encarnos. Em 2020, decidiu que era a hora certa de penduras as botas e, agora, tem o nome ligado à operação Cartão Vermelho e a Rui Costa, devido a uma transação que já tinha levantado dúvidas no Paraguai.