PEPA apenas soma, até hoje, um golo pela equipa principal do Benfica. E foi logo no jogo de estreia, a 23 de Janeiro de 1999, frente ao Rio Ave. Lançado por Graeme Souness a um minuto do fim, para ocupar o lugar de Nuno Gomes, o jovem avançado marcou ainda um golo, contribuindo para o 3-1 final que se registou no marcador.

Nessa época, Pepa jogou mais uma vez, mas não voltou a marcar. Como a época seguinte não estava a ser famosa, acabou por ser emprestado, por um ano e meio, ao Lierse, da Bélgica. Mas a adaptação àquele clube flamengo não foi famosa e Pepa acabou por regressar sem glória, para jogar no Benfica B.

Esta época, além de três presenças na equipa principal, Pepa tem sido presença mais habitual no Benfica B. Só marcou, contudo, um golo, o da vitória fora sobre o Atlético (2-1). Nesse jogo, viu um dos dois cartões vermelhos da época.