Contratado ao Estudiantes de La Plata no início da temporada, Jonathan Silva chegou a Alvalade com a tarefa de aumentar a concorrência no lado esquerdo da defesa, um papel que o defesa argentino até começou por cumprir na perfeição: Jefferson arrancou como titular, mas depois do empate em Maribor (1-1), em jogo da Liga dos Campeões, o camisola 33 ganhou (ainda que temporariamente) o lugar na equipa inicial de Marco Silva.

No entanto, de janeiro para cá, Jonathan Silva perdeu o espaço que tinha conquistado entre as opções do treinador verde e branco, somando, apenas, 5 jogos em 2015. Aliás, a última vez que o lateral-esquerdo alviceleste foi titular remonta a 1 de março, altura em que o Sporting perdeu no Estádio do Dragão, por contundentes 3-0. Este período coincide com o castigo aplicado por Bruno de Carvalho a Jefferson.

Sem espaço na equipa principal, Jonathan Silva acabou por ser "relegado" para a equipa B dos leões para, desta forma, não perder ritmo competitivo (Leixões e Feirense). O argentino regressou aos convocados de Marco Silva na partida com o Boavista, mas não saiu do banco.

Apesar da menor utilização em Alvalade, o internacional argentino continua a manter um bom estatuto no mercado de transferências: Torino e Génova são alguns dos clubes interessados no camisola 33.