A UEFA adoptou a fase de grupos pela primeira vez, com dois jogos em casa e outros dois fora para cada uma das cinco equipas dos oito grupos.

O vencedor, o segundo e o terceiro classificados qualificam-se para a fase seguinte e recebem a companhia dos oito terceiros classificados da fase de grupos da Liga dos Campeões. Os 32 clubes entram nos 16 avos de final na clássica modalidade de eliminatórias a duas mãos até à final, que se realiza no Estádio José Alvalade, a 18 de Maio de 2005.

Se duas ou mais equipas estiverem igualadas em pontos, a diferença de golos em todos os jogos disputados é o primeiro factor de desempate. Depois, há mais três formas de desempate: maior número de golos marcados, maior número de golos marcados fora e o maior coeficiente acumulado do clube e da respectiva federação no ranking da UEFA.