Passados praticamente 10 anos, Sebastián Coates voltou a alinhar pelo Nacional de Montevidéu, clube onde foi formado, e, depois de ter chegado ao país-natal diretamente do Sporting, o central de 33 anos entrou com o pé direito ao conquistar um troféu. Convocado para o duelo do Nacional contra o Peñarol, relativo à final do Torneio Intermédio do campeonato uruguaio, Coates foi suplente utilizado e esteve ligado à vitória dos tricolores sobre o eterno rival no desempate por penáltis (8-7) depois de um empate (1-1) no tempo regulamentar.

O internacional uruguaio de 33 anos não foi titular no Nacional, mas acabou por ser lançado ao intervalo por Martin Lasarte, a tempo de ajudar a sua equipa a igualar a partida contra o Peñarol. A formação tricolor empatou o clássico já aos 79', por intermédio de Petit, antes da final do 'Intermédio' ser decidida na marca dos 11 metros.

No desempate por penáltis, foram necessárias 11.ª séries até o clássico ficar decidido. Neste âmbito, Coates teve a oportunidade de dar logo a vitória ao Nacional na oitava ronda do desempate, já na 'morte súbita', só que o central viu a bola embater no poste no seu remate. No final de contas, Coates acabou ainda por festejar, voltando da melhor maneira possível ao Nacional, após oito temporadas ao serviço do Sporting.