Os primeiros dias de João Pereira como treinador da equipa principal do Sporting, já depois da oficialização do sucessor de Rúben Amorim nos leões, ficaram marcados pela polémica em torno da queixa da Associação Nacional de Treinadores de Futebol (ANTF) relativamente ao técnico de 40 anos. De forma simples, o organismo liderado por José Pereira não reconhece João Pereira como treinador do clube de Alvalade e, assim sendo, garantiu que irá avançar com uma denúncia por, na sua ótica, o novo técnico não possuir as habilitações necessárias para ser treinador principal de uma equipa da 1ª divisão.