Foi no dia 25 de maio de 2006 que se concretizou algo muito ambicionado pelos adeptos benfiquistas: o regresso de Rui Costa à Luz para terminar a carreira, depois de ter rescindido com o Milan. O Maestro, que não quis negociar o contrato, foi recebido por 3 mil adeptos, para aquele que seria o último passo na carreira. Ainda atuou duas temporadas – não conquistou nenhum título –, mas já se perspetivava que este regresso a casa seria mais duradouro do que aqueles dois anos e que dos relvados passaria para os gabinetes. Luís Filipe Vieira sempre viu o antigo internacional português como seu sucessor.