Num dia que pode ser de grande alegria por causa da possibilidade do Sporting ganhar a Taça UEFA, o futebol português ficou de luto por João Manuel, que não resistiu a uma doença do foro neurológico (esclerose múltipla) que lhe foi diagnosticada já no decorrer desta temporada.

João Manuel, 37 anos, faleceu no hospital Nossa Senhora da Oliveira, em Guimarães, onde estava internado, às 11.15, e deixou um filho pequeno.

Esta época participou em dois jogos com a camisola do Moreirense. Os primeiros sinais da doença (falta de força nos membros, quedas abruptas nos treinos e perda de controlo sobre a cabeça) foram detectados em Outubro. Dois meses depois, os médicos confirmaram que sofria de sofria de esclerose múltipla.

Consciente da gravidade da doença, João Manuel fez a última partida no Estádio da Luz, a 11 de Setembro de 2004. Perdeu por 2-0 mas cumpriu um sonho apesar de não ter sido titular: jogar no novo estádio do Benfica.