No intervalo de poucos meses, a carreira de João Fonseca oscilou entre momentos positivos e negativos, numa montanha-russa que passou por uma presença no banco do Benfica num jogo da Liga dos Campeões, diante da Juventus, e uma lesão que o afastou da competição durante um período alargado. Numa altura em que preparava a afirmação plena nos derradeiros escalões de formação do Benfica, acalentando esperanças a médio prazo de integrar os trabalhos da equipa principal na pré-época, o defesa viu-se obrigado a parar e, por conseguinte, a reajustar expectativas.