A primeira passagem de Pepe pelo FC Porto aconteceu entre 2004 e 2007. Um ciclo de três épocas que começou mal para os azuis e brancos, com Del Neri, Victor Fernández e José Couceiro a sucederem-se no comando técnico, mas que acabou por estabilizar com as chegadas de Co Adriaanse, primeiro, e Jesualdo Ferreira, depois. No arranque da primeira experiência do central de azul e branco esteve Costinha, que viu Pepe crescer de forma clara numa carreira que conta já com 500 vitórias como profissional.