Antes de chegar ao FC Porto, Pena teve passagens por algumas equipas do Brasil, mas foi ao serviço do Palmeiras, comandado por Scolari, que o antigo avançado ganhou destaque nacional. No meio de um grande plantel, com alguns jogadores que viriam a vencer o Mundial'2002 e outros que jogariam em Portugal posteriormente, como Argel, Adriano e Paulo Assunção, Pena foi um dos destaques da equipa, com 15 golos na primeira metade de 2000.