A ligação profissional entre Jorge Jesus e João Pereira começou em Braga, quando da passagem do treinador pelo Sporting local. Em 2008/09, o agora técnico dos leões fez deste defesa o seu lateral mais utilizado ao longo dessa época.

De Braga, lateral e treinador rumaram a um grande: João Pereira para o Sporting; Jorge Jesus para o Benfica. Ambos o fizeram em 2009/10, ainda que o jogador só o tenha feito na segunda metade dessa época. Dos sete reencontros que protagonizaram, Jesus venceu seis e perdeu apenas um, precisamente o mesmo que ainda hoje é recordado por um célebre diálogo protagonizado entre ambos, no final de um dérbi ganho pelos leões (1-0 em 2011/12). "Ganhaste o campeonato, João?", perguntou Jesus. "Não, mas acabei de te tirar um", respondeu o lateral, depois de um triunfo sobre a égide de Sá Pinto, à 26.ª jornada de 2011/12, que deixou o Benfica em maus lençóis nas contas da Liga.

Máximo

Com Jesus, João Pereira fez 41 jogos oficiais, entre Liga (27), Liga Europa (10), Intertoto (2), Taça de Portugal (1) e Taça da Liga (1). O lateral nunca fora tão utilizado até então, conseguindo com Jesus um máximo de utilização que só viria a superar uma vez (48 jogos, pelos leões, em 2011/12).

Troféu da Intertoto em comum

Pelo Sp. Braga, Jorge Jesus e João Pereira celebraram um troféu: a Taça Intertoto de 2008. Inscritos na prova como forma de se qualificarem para a Liga Europa, os minhotos acabaram por conquistar o troféu ao baterem o Sivasspor na 3.ª e última eliminatória: 3-0 em Braga e 2-0 na Turquia, deram um total de 5-0, a maior diferença de golos dos 11 duelos dessa fase, suficiente para que a UEFA declarasse os minhotos campeões.