O jornal 'Expresso' noticia que a Autoridade Tributária exige o pagamento de IRS em falta a Fernando Santos no valor de 4,5 milhões de euros. De acordo com o semanário, selecionador de futebol "recebeu através de uma empresa quase 10M€ da Federação Portuguesa de Futebol, tendo declarado e pago IRS sobre um salário anual de 70 mil euros [€5 mil por mês]", referentes aos anos de 2016 e 2017. Recorde-se que foi em 2016 que Santos conduziu a equipa das quinas à vitória no Euro'2016.

Ainda de acordo com a mesma fonte, o treinador, de 67 anos, recorreu já para o tribunal arbitral.

Em 2020, o 'Correio da Manhã' noticiou uma investigação da Autoridade Tributária (AT) à Federação Portuguesa de Futebol e ao contrato celebrado com a equipa técnica liderada por Fernando Santos.